美国的国防部由以下几个部分组成，即国防部办公室、参谋长联席会议、国防局联合作战司令部、国防部驻外活动机构以及各军种部门。国防部长办公室负责国家的国防军事政策，这里是美国军队文官系统集中的单位；参谋长联席会议，是国家总统与国防部长战时指挥军队的沟通渠道，并起着军事咨询作用；

美国的国防局下设16个单位，诸如导弹防御局、国防先进研究项目局、国防安全局等，它是国防部具体业务主管单位；国防部驻外活动机构现在有7个，如军事医疗保险管理活动局、国防部人事资源活动局等；

联合作战司令部是美军在全球范围内的作战指挥部门，共有以下10个：

中央司令部、欧洲司令部、太平洋司令部、非洲司令部、南方司令部、特种战略司令部、北方司令部、战略司令部、运输司令部、联合部队司令部；

军种部门有3个：陆军部、空军部、海军部。美国的海军部管理海军和陆战队两个军种。

军种部负责非作战使命，如练兵训练、武器装备研制采购、征兵退役等，它的工作是为了使军队能够保持战斗力及其良好的战备状态，作战的时候为联合作战司令部提供兵力。军种部门内部组成与国防部类似，分为部长办公室、军种司令部、参谋部。

战争期间，作为最高统帅的美国总统与国防部长联合组成国家统帅部，向美军发布作战命令，美国的国防部长相当于美军的副统帅。国家统帅部的命令通过参谋长联席会议下达到具体联合作战的司令部，再由联合作战司令部完成。