司马迁塑像

公元前110年，司马谈重病，弥留之际要求司马迁能够秉承家族的传统，发扬祖先的事业，要接着把编撰历史的计划完成。在长安任职的司马迁，在这里结识了天下的杰士，其中包括对司马迁影响颇深的董仲舒和孔安国。董仲舒对司马迁的影响，在《史记》中也都有体现。董仲舒的公羊学主张的有道伐无道的思想，是《史记》中反暴的基础，而公羊家崇尚的让、尚耻之义也成为了《史记》中衡量褒贬历史人物的主要道德标准。

公元前99年的时候，李陵自请五千步兵，涉单于庭以寡击众。但是李陵行军至浚稽山时，遭遇单于突袭，援兵久久未到，匈奴越聚越多，李陵最后弹尽粮绝投降匈奴。群臣皆声讨李陵，但是司马迁却与众人不同，说李陵是个爱国的人，他以五千之数杀敌一万多，虽然战败投降，也有可能是想找机会回报汉朝的。但是后来李陵没有归汉，于是司马迁也被定了诬罔罪，按律当斩。但是司马迁以腐刑赎身死，在此之后，司马迁背负屈辱，完成了著作《史记》。