1645年11，清廷以驻防西安内大臣何洛会为定西大将军，会同固山额真巴颜、李国翰等，进兵四川，征剿大西军。三年正月，清廷又增派靖远大将军肃亲王豪格入川。这样，大西军同时面临故明军队与清军主力的两面进攻，局势严重。

　　3月，明朝川陕总督樊一蘅、兵部尚书四川督师王应熊，会师泸州(今属四川)，约期进攻大西军。参将杨展，亦攻大西军，取嘉定，占领川南诸州县。大西军十余万众试图顺长江东进湖北，遭到阻拦，于彭山败于杨展，退回成都。

　　五月初五，豪格率部由西安向汉中进发。18日，清将尼堪抵鸡头关，击败大西军;及抵汉中，又击溃大西军贺珍营。25日，豪格遣鳌拜、马喇希等分别于汉中、西乡追击大西军贺珍、孙守法部和刘体纯部。这时，故明总兵曾英、参将王祥联兵趋成都。在清军和明军、乡绅武装的多路进攻下，大西军于7月放弃成都，撤往陕西。

　　11月，豪格率部抵四川南部县，大西军保宁守将刘进忠降。当时大西军尚有部众数十万，列营于西充县境。豪格以降将刘进忠为向导，以护军统领鳌拜等为先锋，星夜兼程，进击大西军。

　　27日凌晨，清军抵西充。时大雾弥空，大西军哨兵报后营路有盔甲声，张献忠谓其煽惑军心，立斩哨兵数人。不多时清军已到，张献忠急率部将出营，至凤凰山。时清军已及营门，仅一小溪之隔。张献忠方引弓，却被清将雅牙兰射中，阵亡。大西军顿时惊溃。

　　清军四出追击，破130余营。大西政权亡。孙可望、李定国等收集余部，由顺庆(今四川南充)南奔，后于川滇黔地区坚持抗清十余年。张献忠的大西政权，就这样在明朝和清朝两不讨喜的夹击下走向了末路。