公元1687年，徐乾学晋升为左都御史兼任刑部尚书一职。徐乾学为官期间，在康熙皇帝的授意下，主持修编过《明史》、《大清一统志》、《读礼通考》等书籍，为古代历史的记录作过不可磨灭的贡献。

公元1688年，湖广巡抚张汧爆发了贪污案件，这次贪污案件影响的范围非常大，其中徐乾学也被牵连其中。根据湖广巡抚张汧的供词，他曾收买过徐乾学。康熙皇帝知道此事后，并没有追究徐乾学，在康熙皇帝的包庇之下，徐乾学并没有得到任何处置。

不久之后，同僚许三礼上书弹劾徐乾学，随后徐乾学以“放归田里”上书请奏康熙皇帝，希望康熙能让他告老还乡。随后，康熙皇帝同意了徐乾学罢官，但是让他回家编著《大清一统志》。

徐乾学回家之后，便效仿《资治通鉴》，在同僚的帮助之下，编撰《资治通鉴后编》。公元1691年，徐乾学曾经包庇朱敦厚一事被告发，事发后康熙革掉了徐乾学的官职。

徐乾学与纳兰性德

徐乾学与纳兰性德都是康熙时期的文人，并且两人都在清朝廷为官。说起徐乾学与纳兰性德的交集，还得从徐乾学进入朝廷开始说起。徐乾学的仕途非常不顺，当初徐乾学以进士第三名入朝为官。徐乾学进入清廷时，朝廷内部主要分为索额图和明珠两个党派。

徐乾学作品

索额图为人傲慢，而明珠谦和有礼，所以深得同僚的敬重。初入仕途的徐乾学为了实现自己的抱负，便急于交结朝廷官员。随后，徐乾学将目标锁定在了纳兰明珠与纳兰性德父子身上。

徐乾学得知纳兰明珠喜爱书画，在纳兰明珠举办寿宴时，徐乾学便让当时的著名诗人王世祯作了一首诗，以此献给纳兰明珠。纳兰性德此时还在太学读书，徐乾学为了犒劳纳兰明珠，便将纳兰性德收为门生。

每到三六九日，徐乾学便给纳兰性德讲解史书、文学方面的知识，并且向他传授自己在文学上的造诣。此外，徐乾学还给纳兰性德刊刻了《通志堂经解》，帮助纳兰性德理解文学知识。随后，纳兰明珠大力提拔了徐乾学，这也是徐乾学平步青云的原因之一。

后来，纳兰性德入朝为官，和徐乾学成为了同僚，两人也从师生关系转为了同事。关于徐乾学与纳兰性德在官场上的事迹，并没有过多记载。只知道，纳兰性德踏入官场之前，得到了徐乾学的指点，而徐乾学为纳兰性德收集的解经之书，具有很高的文学价值。