李贽的思想主张极具批判性，和传统不符甚至相对，这也是他常被认为离经叛道以及最后被捕入狱的原因。他批判的对象有：一，儒家学说。他贬低甚至否定孔子和孟子的圣人地位，认为人人都可以成为圣人，所以不用向圣人学习，更加没有必要以他们的是非观作为自己的标准。这一主张本质上就是在崇尚个性。二，封建礼教。他抨击封建礼教对思想的禁锢，尤其为受压迫的妇女鸣不平。为此，他时常痛斥那些维护封建礼教的人，指责他们是假道学，是伪君子。三，封建统治。李贽著有一本《藏书》，对许多历史人物进行了评价。他揭露封建统治者的残暴、朝廷的腐败，这是他在表达对现实政治的不满。四，重农抑商。他主张功利主义，强调商业的重要性。这些主张在当时形成了轩然大波，被当时以及后来明清的许多文人狠狠地批判。

在文学上，李贽提出了“童心说”。他主张写文作诗不能弄虚作假，而要表达个人内心的真实的感情和想法。他的这一主张，是在反对当时社会上流行的复古的文风。