经过

　　1259年，已退位的后嵯峨天皇逼后深草天皇退位，立七子恒仁继位为龟山天皇，从而使两个天皇产生对立，后深草子孙形成的持明院统皇室，和龟山后裔的大觉寺统皇室自此不断为了皇位问题激烈斗争。这时镰仓幕府居中进行调停，最后决定由两方的子弟(皇统)轮流继任天皇。

　　镰仓末年，后醍醐天皇曾两次发动倒幕，分别为正中元年(1324)的正中之变和元弘3年(1331)的元弘之变，两次都为朝臣吉田定房所泄，在元弘之变中的笠置山・赤坂城之战中，天皇为幕府所掳，流放至隐歧岛，并立持明院统之光严天皇即位，改元正庆，是为北朝第一代天皇。但勤王势力(护良亲王、楠木正成等)仍不放弃，两年后在京都与幕府势力(主要为六波罗探题)决战，此时幕府派出的大将足利尊氏阵前倒戈，破六波罗探题军，另一勤王军新田义贞趁机攻破镰仓，镰仓幕府灭亡。后醍醐也被勤王军救出，回到京都废光严天皇复位，并废院政、关白，国家、政权一统于天皇，史称建武新政。

　　然而不久足利尊氏复叛，藉平中先代之乱的借口屯于镰仓，拒还京师。在第一次进攻京都失败后逃至九州，寻求当地势力东山再起，最后从九州再次攻京都，与朝廷军在凑川爆发凑川之战，朝廷大将楠木正成兵败自杀，足利尊氏则在京都再创武家政权(即幕府)，即后来的室町幕府，后醍醐被禁锢，但不久即带着三神器逃出，在吉野另立朝廷，历史进入南北朝时代。

　　在进入南北朝时代后，足利尊氏拥立持明院统的光明天皇，后醍醐天皇作为大觉寺统的代表则逃往大和国的吉野。北朝的持明院统在京都受到足利氏的严密控制，南朝大觉寺统则持有象征天皇神权的三神器——八咫镜、八尺琼勾玉和草薙剑，双方形成南北对峙的局面。

　　之后到了北朝后小松天皇时，南朝后龟山天皇退位且交出三神器，使南北朝复归统一，按照原本两统迭立的原则，继任者必须是后龟山天皇的子孙，但后小松天皇违反约定，由自己的儿子实仁亲王即位为称光天皇，并宣布两统迭立的情况结束。