在中国方面，不言赔偿兵费，而将五十万两白银拆成十万两的“抚恤”与四十万两的“购买道路房屋”，算是在保存颜面的情况下息事罢兵。

　　但因为条约中有日本出兵是“保民义举”字句，日本据此认定中国不否认琉球是日本的属地。(1875年)继续进行“琉球处分”，令琉球终止向中国朝贡，复在1879年迫使琉球国王尚泰移住东京，派军警进驻琉球，废止“琉球藩”改设“冲绳县”，但中国并未放弃琉球宗主权对日本提出抗议。1880年，在前美国总统格兰特调解之下，日本提议及外务省底线将割琉球群岛以北归日本，南边的宫古、八重山岛属中国，中国则提出北边的奄美群岛归日本，中间的琉球群岛归琉球国，南边的八重山群岛(含八重山、宫古岛等)归中国，最后并未成案。直到1894年甲午战争日本击败清朝，台湾割让给日本，无力继续过问琉球问题，琉球遂在国际默认下归属日本，但因中国与日本之间并没有签订任何条约放弃琉球的宗主权改归日本，直至今日中华民国与中华人民共和国亦未正式与日本政府签订条约承认日本政府拥有琉球主权。

　　“牡丹社事件”前，台湾东部是否属于清朝管治范围并未得到欧美国家广泛承认。牡丹社事件之后清廷体认到台湾的重要性，转为积极治理台湾，增设府县，并对台湾东部及原住民地区以“开山抚番”进行开发、征服及台湾东西部越岭古道，虽最后仍无法有效统治原住民地区，但可防止外国势力以原住民治理问题进犯台湾。并于1884年爆发中法战争后，1885年建立福建台湾省直至1895年割让台湾予日本。