世人对英诺森三世评价褒贬不一，有人认为他是一位很了不起的教皇，有人则认为他不过是利用了人们敬畏宗教的心理，满足自己对至高无上的权力的欲望、披着一层光鲜亮丽的外衣的人。

客观来说，英诺森三世评价应该从以下几方面来说：在教务方面，他创立了一系列教会改革的条规，制定了神职人员任免制度和基督教礼仪。并且组织召开了第四次拉特兰公会议;在政治方面，他蓄意挑起德意志内战，收复德意志、意大利占领的管辖地，作为教廷的管辖区。

以西西里国王年幼为理由，肆意干政，将统治大权掌握在自己手里。由于当时英国的诸侯大臣对国王约翰不满，英诺森三世趁机迫使约翰臣服于教廷，并每年进行上贡;

在军事方面，英诺森三世建立了十字军军团，他是欧洲历史上第一个拥有军队的教皇，并且数次组织十字军东征，武力镇压异教徒。还发明了一系列迫害异教徒的手段刑法，喊着上帝的口号，残忍地迫害了许多人。从以上事件来看，英诺森三世是一个崇尚权力、聪明的人，给基督教留下了好坏参半的遗产。