因为“九一八”事变的成功，石原莞尔成为了日本民众的英雄。1936年部分陆军军官发起二三六事变，石原莞尔作为参谋长镇压了起义军。1937年石原莞尔晋升为陆军少将。他还修订了国防国策大纲，建立满洲国，并主张与美国保持友好的关系，强调能源的重要性，这些对日本的发展都是有积极作用的。1937年“七七事变”的爆发，全面侵华战争开始了。然而石原莞尔主张逐步占领中国，不扩大事态的战略与作战科科长等人的想法相矛盾。于是尽管在会议上已经通过不扩大的决议，但实际情况依然不受控制，石原莞尔在军中的位置也开始岌岌可危。后来在好友板垣征四郎提议下，去给东条英机当参谋长。

不过石原莞尔和东条英机两人之间的矛盾确越来越深。石原莞尔想要满洲国的控制权，东条英机也不肯放弃的这个统治权，矛盾日益加深。1941年，石原被编入预备役，丧失了话语权的石原莞尔一蹶不振。1949年8月15日，因为癌症而死。