临安沦陷后，陆秀夫颠沛流离抵达温州，与张世杰等人昭告天下，打算重建朝廷，光复江山。带着益王远渡重洋抵达福州建立政权，益王登基是为端宗。虽说，大宋江山星星之火尚存，但这希望太过渺茫。虽说，朝中有几位像是陆秀夫这种有能力有才干的能臣，但更多的还是中庸之辈，不堪一用。

　　忽必烈听闻南宋尚有余孽存于海外，急命几路将军乘船出海，并派遣陆军双管齐下包抄福州，打算将这个“海上朝廷”覆灭。祥兴二年正月，降元之将张弘范率元军攻至崖门，元军浩浩荡荡陆续抵达崖山，对南宋形成三面包围之势。陈宜中等人见局势愈发不可收拾，只能带着皇帝继续出海逃窜。经过了一百多天的颠簸，众人终于抵达东南海上的一个小岛。

　　祥兴二年(1279年)正月，元将张弘范率水陆两路元军直趋崖山。祥兴二年二月初六(1279年3月19日)，双方进行了最后的决战，张弘范分兵四路，发动猛攻。最终宋军抵挡不住元军的攻击，南宋左丞相陆秀夫将黄金国玺系在腰间，背起八岁的帝昺奋身跃入大海，以身殉国。顷刻间君臣二人就沉没得无影无踪。其他船上的大臣，宫眷，将士听到这个噩耗，顿时哭声震天，几万人纷纷投海殉国。南宋宣告灭亡。

　　崖门海战之后一天，即二月七日早晨，海上浮尸10万，陆秀夫的尸体被百姓找到后，安葬了起来。而小皇帝赵昺的尸体则为元军寻得，只见一眉清目秀的小儿身穿龙袍，头戴皇冠，身上还挂着一个玉玺。之后，元兵将玉玺交给张弘范，张弘范确认这小儿是赵昺，随即派人寻回，然而，赵昺的尸体已经下落不明了。

　　赵昺投海殉国后，少帝遗骸却浮出海面。有群鸟伏在尸身上，遮住少帝遗骸，随海水漂流，一直漂到赤湾(今深圳蛇口)。赤湾海边有间天后庙，一天庙主往海边巡视，忽见海面有一具浮尸，上有群鸟遮盖保护。庙主认为此浮尸定是异人的遗骸，便设法将它拖上岸来。浮尸上岸，群鸟飞去，露出一具童尸，身上穿着黄袍，面色红润如生人。庙主知道这是少帝赵昺的遗骸。就在这时，海边天后庙里的一根栋梁突然塌下。庙主与乡绅父老认为此栋梁是天后娘娘送给少帝做棺材用的木料，便用它做成棺材，礼葬少帝于天后庙西边的小南山下。

　　南明末代皇帝永历帝朱由榔：

　　永历帝朱由榔(1623年11月11日—1662年6月1日)，南明最后一位皇帝。明神宗朱翊钧之孙，桂端王朱常瀛之子。1646年至1662年在位。年号永历，史称永历帝。

　　天启三年(1623年)，朱由榔生于北京顺天府，隆武二年(1646年)袭封桂王。隆武二年(1646年)在广东肇庆称监国。同年十一月十八日宣布即皇帝位，改第二年为永历元年。朱由榔倚仗大西军余部李定国、孙可望等在西南一隅抵抗清朝，因此维持时间较长。永历九年(1655年)李定国把朱由榔护送到云南昆明，居住在孙可望的秦王宫。次年于曲靖交水大败孙可望，孙可望势穷降清。永历十一年(1657年)孙可望降清后，西南军事情报尽供清廷，滇黔虚实尽为清军所知。

　　永历十二年(1658年)，清军三路大军入攻云南，云贵沦陷。永历十三年(1659年)，朱由榔在李定国的保护下，由昆明撤到永昌(云南保山县)，又由永昌退到腾越(云南腾冲县)，由腾越逃到缅甸境内，被缅甸王莽达收留。后吴三桂攻入缅甸，莽达之弟莽白乘机发动政变，杀死其兄后继位。1661年8月12日，莽白发动咒水之难，杀尽永历帝侍从近卫。

　　永历十五年(1661年)，清军攻入云南，朱由榔逃到缅甸曼德勒，被缅王收留。莽白得到清军进入缅境的消息后，曾写信给吴三桂，到1662年1月22日，莽白将永历帝献给吴三桂，明朝皇统彻底灭亡。1662年6月1日，永历帝父子及眷属25人在昆明篦子坡遭弓弦勒死，终年40岁，在位16年。南明永历朝廷至此烟消云散。