皇帝身为一国之君，拥有至高的权力，因此所下的圣旨没有人敢违抗，抗旨的结果就是被拉出去斩了。而太后是皇帝的母亲，在古代孝道文化是皇帝的必修课，因此皇帝对太后的话和懿旨是言听计从的。从中就可以看出结果来了，皇帝的圣旨是治理国家所用的，太后的懿旨是为了管理皇帝的家(后宫)所用的。

按照法统来说，自然是圣旨最大，所谓天子，代天牧守万民，是一言九鼎的金口玉言。皇帝出口成旨，落纸为诏，其旨意具有法理上的最高权威。其他人的旨都无法和圣旨对抗。

但是在实际执行的过程中，皇帝本人的权威往往也受到很多其他的挑战和制约。太子、后妃、诸侯王都可能会发号施令，皇帝诏书自然是圣旨，而太子和诸侯王称之为教旨，后妃和太后则称之为懿旨。

大多数情况，只要是成年皇帝继位，皇太后是不会也不能干预朝政的，也不存在圣旨和懿旨的冲突，有的皇帝比较尊重皇太后，在颁布圣旨前可能会征求皇太后的意见，但不可能允许皇太后发布懿旨代替圣旨。

只有在一些特殊时期，比如老皇帝去世，新皇帝还没选出，皇位空缺，无法发布圣旨时，皇太后的懿旨可以替代圣旨决定大事，起到暂时性的替补作用。

如果皇帝的圣旨与太后的懿旨从道理上是要听皇帝的，但是如果把“孝”这个因素加进去，皇帝一般会妥协。古往今来的人都是按照先来后到决定听谁的，如果说皇帝圣旨后到，但他不妥协于太后，那你必须无条件站到皇帝那。因为那已经不是你遵旨不遵旨的事，而是别人家事。