关于李时珍这一段在太医院工作的经历，史学界有诸多争论，有人认为李时珍曾出任太医院院判(正六品)，但也有人认为他只是担当御医(正八品)。无论其职位高低，李时珍被荐于朝是不可否认的事实。太医院的工作经历，有可能给他的一生带来了重大影响，为他创造《本草纲目》埋下很好的伏笔。这期间，李时珍非常积极地从事药物研究工作，经常出入于太医院的药房及御药库，认真仔细地比较、鉴别全国各地的药村，搜集了大量的资料，同时他还有机会饱览了王府和皇家珍藏的丰富典籍，与此同时他也可能从宫廷中获得了当时有关民间的大量本草相关信息，并看到了许多平时难以见到的药物标本，使他大大开阔了眼界，丰富了知识领域。谈到这一点，就必须联系到明代宫修的另一部著名本草书籍——《本草品汇精要》。

　　2002年，中国文化研究会全文影印出版了《本草品汇精要》，该书是明孝宗于弘治16年(1503)8月下诏太医院编修的一部国家药典。在司设监太监刘文泰的组织下，一个设有总督、提调、总裁、副总裁、篡修、验药等9种职位的修撰班子组成，包括誊录、绘画人员在内共49人。在经历一年半修订后，药典编纂完成。编撰者按照宋人唐慎微的《证类本草》旧例顺序，把入药之物分为玉石、草、木、果等10部，每部分为上、中、下三品编写，全书共收药物1815种，正文用朱墨两色分写。正文之前绘有精美的彩色写生图达1358幅之多，是中国第一部大型彩绘图书。同时编撰者还舍弃了当时已比较成熟的雕版印刷技术，而由14位工匠分色缮写文字，8位宫廷画师负责绘图。全书完成后，由明孝宗亲自撰写序言，并仿照《永乐大典》格式装帧成36册，装入楠木盒中保存，是为明代宫廷的正统抄本。

　　但是，此书完稿后仅两个月，明孝宗却意外“驾崩”，其死因成为天大疑案。而原书编纂人员中的49人中有12人涉嫌谋害孝宗皇帝，遭到查办，于是这部明代药典《本草品汇精要》一直封藏在宫中内库里。后不知通过何种途径(传教士或英法联军)于1877年藏入罗马国家图书馆。

　　李时珍是在距此事约50年左右进入太医院任职的，他不可能前朝旧事一无所知。而此时孝宗后继位的明武宗已逝，明世宗也已出任皇帝30余年，对故去的疑案未必再加关心，所以封藏在宫中的《本草品汇精要》有可能在不公开的情况下得以窥见，因此不能排除李时珍在太医院工作期间很幸运地看到了此书。也正是由于这个原因，促使他意欲编著一部能超出此书的新本草专著，而在太医院的工作环境是不可能满足他的想法、实现愿望的，因为李时珍淡于功名荣禄，所以在太医院任职没有太长时间，就托病辞职归家了。