1645年5月20日的城防崩溃后，扬州城居民只有听天由命了。尽管当时大雨倾盆，但是一些居民忙着烧香，准备着入侵者的到来，同时大量地隐藏他们的金银财宝。他们只是做了这些谨慎的准备，但是全然无力抵抗那些已接管这座城市的满族人、蒙古人和投降了的汉人。王秀楚写道：“众皆次第待命，予初念亦甘就缚”。

那些叛徒领着清兵在这座商业城市中从一个富户进入另一个富户。清兵们先是要银子，后来就无所不要了。直到20日的白天，还没有人身伤害。但是夜幕降临之 后，人们听到了砸门声、鞭子抽人声和受伤人发出的嚎叫声。那个夜晚火势蔓延开来，但有些地方的火被雨浇灭了。

到于1645年5月21日，一份告示保证说， 如果藏起来的人能够出来自首的话就会得到赦免，于是许多藏在自己家里的人走了出来。可他们走出来后却被分成50或60人一堆，在三四个士兵的监督下，用绳 子捆起来。然后就开始用长矛一阵猛刺，当场把他们杀死，即使仆倒在地者也不能幸免。

扬州变成了屠场，血腥恶臭弥漫，到处是肢体残缺的尸首。扬州百姓，同仇敌忾御敌。据史可法纪念馆馆藏资料记载：在保卫扬州城的战斗中，百姓踊跃参战。有的奔上城头抢修防御工事，有的协助兵士巡城，连妇女老小都出动，搜集砖石、石灰，赶制刀枪弓箭。

退职武将樊大纲召集一批志士，加入守城队伍。其母为了免除儿子的牵挂，竟一头撞死在石碑上。城被攻破后，市民们或同清兵巷战而死，或自杀身亡。

二百多扬州少年自发组织起来，到处伏击清军，全部战死：诸生高孝瓒，在衣襟上书：“首阳志，睢阳气，不二其心，古今一致”，在学宫自缢;医生陈天拔、画家陆榆，船民刘某、徐某，均不屈死;妇女拒辱自杀者不计其数。

由此可见，清军所发起扬州十日的屠杀是一场惨绝人寰的，没有任何道德人伦可寻的报复。而这场残酷的屠杀只是因为史可法的誓死抵抗，因为扬州百姓帮助了明军，导致清军损伤惨重。

大火蔓延开来，那些因为藏在屋子里或地下室里仍然活着的人们，或者是被无情的大火所吞噬，或者是战战兢兢地跑到街上，被那些仍然在屠城的清兵杀死了。甚至那些被正规的清军放过去的、赤身露体在街上游转的、孤弱无助的市民，又被成群的散兵(“不知为清兵、为镇兵、为乱民”)拦住，乱棒打死。

到5月25日，即滥杀和抢劫的第六天，这场大屠杀结束了。清军接到豫王的命令，就此封刀。和尚们得到命令开始收集和焚烧尸体。到5月27日，开始赈济口 粮。又过了几天，那场雨——它使大火没有毁灭整个城市——终于停止了，太阳也出来了。当时的人们估计，有80万人死于这场屠杀。

《扬州十日记》在史学界影响很大，一些书籍如：《清代通史》《辞源》《辞海》《中外历史年表》《清史编年》等皆予引用。

据《扬州十日记》所载，清兵攻破扬州城后进行了为期十天的大肆屠杀，史载：“诸妇女长索系颈，累累如贯珠，一步一跌，遍身泥土;满地皆婴儿，或衬马蹄， 或藉人足，肝脑涂地，泣声盈野。”

“初四日，天始霁。道路积尸既经积雨暴涨，而青皮如蒙鼓，血肉内溃。秽臭逼人，复经日炙，其气愈甚。前后左右，处处焚 灼。室中氤氲，结成如雾，腥闻百里。”后来由城内僧人收殓的尸体就超过了80万具。

这场惨绝人寰的扬州十日屠杀使得几世繁华的扬州城在瞬间化作废墟之地，江南名镇一时间几世繁华的烟花古巷更变成了血流成河的屠宰场。