童贯率领的十五万军队是北宋精锐部队，兵分两路，由王禀、刘镇等率领，一路直趋杭州，一路杀向歙州。

　　宣和三年正月，方腊派大将方七佛率众六万进攻秀州(今嘉兴)，秀州是杭州的屏障，也是农民军的必争之地，守城的秀州将领王子武知道朝廷的救兵快到，军心大振，采取固守待援，秀州城墙高大，农民军久攻不下，不久宋军援兵赶到，农民军大败。

　　次月，宋军包围杭州，方腊亲自指挥抵抗，但农民军有个问题，占领杭州后没有积累足够的粮食，无粮就没有战斗力，起义军无法坚持，只能退出杭州。

　　但方腊对杭州的感情实在很深，三月，他又卷土重来，想重新拿下杭州，但攻城比守城更难，何况方腊手里的农民军，没有经过正规的训练，光凭喊口号是没有用的。

　　这次方腊在城外就被王禀打败。

　　杭州失守，农民军军心震动，虽然农民军人数占优，但胜利的天平已经向宋军倾斜，宋军则士气大振，他们先后拿下了歙州、睦州、衢州，方腊从富阳、新城、桐庐。方腊的队伍一路退到青溪县，最后退守帮源洞。

　　此时起义军已经从最高峰的百万之众减少了八成，只有二十万人了，战斗力下降得很厉害。

　　到宣和三年四月二十四日，宋军包围帮源洞。方腊在石洞中躲藏起来，宋军中任裨将的韩世忠便率骁勇进入方腊所藏洞中，格杀数十人。四月二十七日，方腊和妻子、宰相方肥等人被俘，藏匿在洞中的七万起义军被杀，方七佛等人逃走。方腊等人被押往汴京，八月二十四日，方腊被杀，宋朝算是去掉了一个心腹大患。　
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