崖山海战有着三个未解之谜，到现在还没有找出谜底。崖山海战未解之谜之一是南宋为何将所有的军队集中在崖山这个地方。根据现在的考察，南宋在崖山以南的湛江海域附近的岛屿上修筑了临时住所，按道理他们应该在岛屿上抵抗元军。为何他们会逆向去崖山，与元军追击的方向正好相对。而且从湛江附近的岛屿到崖山是逆风。　　

　　张世杰画像

　　南宋当时的决策层为何要作出这样的决定，现在没有统一的见解。有的专家认为当时的南宋决策层已经料到南宋覆亡的前景，无论是在陆上防御，还是在岛屿上防御，都会全军覆没。由于存在乡土情结，他们选择了在陆上抵抗。这种说法虽然有些道理，但仍旧无法准确解释崖山海战未解之谜中南宋指挥官为何会在陆地上守卫的问题。

　　崖山未解之谜之二是南宋在军力远胜于蒙古的情况下为何全军覆没。南宋的军队有20万，战船有近千艘，蒙古的军队只有2万人，战船只有四百艘。南宋的军队战斗力虽然不如蒙古，但是20万人是不小的数目，而且打的是海战，并不是陆地战斗，蒙古军队的骑兵优越性无法发挥出来。

　　崖山海战未解之谜之三是宋朝的指挥官为何连连失误。崖山海战的南宋一方指挥官是张世杰。但是南宋的补给都是由海南岛提供，张世杰没有派兵守住出海口，而是将所有的战船都聚集在海港里，明显是一大失误。南宋的战船数量远胜于蒙古，应当在海面上与蒙古军决战，在狭小的地区作战明显不利于南宋一方。