中国海军损失严重，加之日军封锁中国沿海，残存的舰船主要被用于保卫川江、荆河、湘江等河段，拱卫陪都重庆。这一时期，中国海军主要以敌后的漂雷游击队，打击日军。1943年，陈绍宽撰文回答“海军到哪里去了”，历数其战绩。

　　“单就长江方面之芜湖至湖口，九江至汉口，汉口至岳阳这三个地区中，已经出击过九十三次，布放漂雷一千六百具。”“经调查属实者，业已炸沉敌舰艇船只一百五十六艘”这其中“包括有中型舰、运输舰、商船、汽艇等，其物质损失的价值，至为重大。”

　　敌军方面的记述，证实陈绍宽所言不虚。日本随军记者回忆，中国海军“在江面上布下了无数的水雷，南京和汉口之间成了可怕的水雷区。”“以近藤英次郎中将为司令官的海军十一战队，一边同两岸的敌军作战，一边排雷前进。这就是后来有名的长江溯江舰队。

　　这支舰队派出十几艘扫雷艇，每二艘之间拉上钢缆进行扫雷，但是由于水雷太多，好多扫雷艇都触雷沉没了。炮舰、运输船也相继触雷，损失惨重。”

　　一支执行登陆任务的舰船触雷后，“江水升起了巨大的水柱，船被炸成两截。船上的若月(记者)，同盟通讯社的下津久男以及六十多名陆战队员全被抛入江中，被江水吞没了……一旦落水，连尸体都浮不上来。”

　　在长江以外，海军还在闽厦、浙江、粤桂三地抗敌。闽厦方面，中国海军“加强防务，增设临时炮台，封锁闽江港口，闽厦各役血战，收复马长失地，筹划闽江防御”。

　　浙江方面，“浙东各江防务配备，瓯江炮台屡挫敌舰”;粤桂方面，“协防珠江，雷队布防西江”。中国海军以巨大牺牲，为赢取抗战胜利做出了贡献。