在“文化大革命”时期，情况错综复杂，既有属于林彪、“四人帮”反革命集团罪行的情况，也有属于党在工作中犯的严重错误的问题。“两案”审判顺利进行的最关键问题，就是分清哪些是林彪、“四人帮”反革命集团的罪行，哪些是党在工作中犯的错误。彭真认为林彪、“四人帮”的犯罪和党犯错误，是两个性质不同的事情，罪行和错误要分开，决不能审判党的错误。他接手“两案”后指出：“我们是审理罪行的，路线问题我们管不着，公、检、法没有资格审查党的路线问题，也不应过问这个事。”中央“两案”审判工作小组召集人之一、公安部副部长凌云回忆“彭真多次找他到家里谈话，强调要把林彪、江青反革命集团的罪行同党的路线错误分开”。

    1980年4月5日，彭真主持召开中央政法委员会第五次会议，专门研究“两案”的审判问题，部署审查工作。他明确提出：“‘两案’审判只审林彪、江青反革命集团的罪行，不管党内路线问题。审讯是要‘两头抓麻杆’，一头是他们在向中央报告前搞逼供，捏造事实；一头是中央决定后，他们对中央决定的歪曲篡改。”会后，彭真接连四次主持“两案”工作汇报会议，针对工作中出现的有争议的问题，指出：“触犯党纪、政纪问题的事统统不管，审判只管刑事犯罪。林彪、江青实际上是一个集团两个团伙。他们罪行的关键是篡党篡国篡政，结果是祸国殃民。”

    7月4日和9日，彭真连续主持召开会议，听取预审工作汇报。在听取汇报后指出：“主要罪行、证据材料要一条一条、一件一件核实、认定。罪证材料要编排整理出来，展览在一个地方，请书记处和政治局的同志阅。办案要扎实、准确。我们办案要经得起历史检验。要把党中央领导上的一些错误和缺点与林彪、江青一伙的反革命罪行纠缠在一起的问题分开，严格区分，决不能马虎。一定要以事实为根据，法律为准绳。只有这样，才能立于不败之地。”

    要把解决敌我性质的问题和党内政治错误、路线错误分开的问题。彭真说：“这次审判，首先必须实事求是地区分好人犯错误与坏人做坏事，区分领导上所犯的错误与林、江反革命集团所犯的罪行，这是一条根本原则。特别法庭只审判林、江反革命集团的罪行，不审理党内、人民内部的错误，包括路线错误，不解决党纪、军纪、政纪的问题。”另外，“为什么必须严格地把党内、人民内部的错误与反革命罪行分开？因为它们是两类根本不同性质的问题。如果不注意严格地从本质上加以区别，势必扩大打击面，误伤好人。干革命，做工作，犯错误是难免的，正确的态度是坚持真理，随时修正错误。犯了错误，包括严重错误、路线错误，都应当实行‘惩前毖后，治病救人’的方针，通过‘团结—批评—团结’加以解决，并且客观地、全面地、实事求是地总结经验教训，使全党、全军、全国各族人民吃一堑，长一智，把革命事业推向前进，把建设社会主义的事业推向前进。”