1935年日军进窥绥东，他提出了“守土抗战”的口号。

1936年 2月， 红军东征，由陕北过黄河进入山西，阎军大败。蒋介石乘机派五个师 进入山西。红军撤回陕北后，蒋介石仍不撤走。随后，他面对日军步 步进逼，而蒋介石也想将他吞并的形势，初步接受了共产党的抗日民 族统一战线政策，采取了“拥蒋联共抗日”的路线。抗日战争爆发后， 阎锡山任第二战区司令长官。

1937年 9月，日军侵入山西后，曾在 代县组织所部积极对日军作战，并同共产党合作抗日。但后来接受了 蒋介石的密令，开始制造反共摩擦。

1939年蒋介石发动反共高潮后， 他于12月制造“晋西事变”，进攻抗日决死队和八路军。后来又暗中 同日本侵略者联系，在抗日和降日之间进行投机。抗日战争胜利后， 积极参加蒋介石发动的内战。

1945年 9月派第十九军军长史泽波率部 侵犯上党解放区，三万余人被歼。随后，在解放军的打击下，他的部 队不断被歼，所占地区日益缩小，到1948年 7月，只剩下太原和大同 两座孤城，但仍继续顽抗。

1949年 3月，逃往南京。 6月在广州任国 民党政府的行政院长兼国防部长。12月到台湾。

1960年 5月病故.