孔有德画像

毛文龙被处死之后其旧部发生了兵变，于是总兵黄龙赶去镇压，后来孔有德和耿仲明不服黄龙的管辖，于是投奔了登莱巡抚孙元化，1631年八月，祖大寿被清军围困在大凌河，孙元化下令让孔有德带领八百骑兵前去救援，但是孔有德抵达登州吴桥的时候军人因为给养不足发生了哗变，孔有德于是自封为元帅，走上了叛离明朝的道路，史称孔有德叛乱。

1632年一月，孔有德围困了登州城，而孙元化认为可以招降孔有德，所以疏于防范，孔有德让三百士兵假装前去投降，与在登州城内的耿仲明密谋策划，采取里应外合的方式攻占了登州城。活捉了孙元化、宋光兰、王梅等官员。总兵张可大杀死妻妾后自尽于太平楼。孙元化逃回天津，被明政府处死，孔有德、耿仲明等人又攻破黄县，并且在1632年二月围困了莱州城，但是明政府认为可以招降孔有德，一味的对孔有德进行招抚，但是孔有德不听明政府的招降，攻城更加的猛烈，后来还诈降抓住了谢链等官员。明军见招降措施不奏效，于是对孔有德叛军展开了攻势，孔有德很快不敌，于是退守登州，但是登州很快也失守，孔有德带领着一万多人突围而出，乘船向辽东半岛去了，而辽东半岛之上的明朝军队也正在严阵以待想要消灭孔有德，但是明军并没有将孔有德完全消灭掉，孔有德上岸之后去了盖州，后来在1633年四月投降了清朝。孔有德叛乱至此告一段落。