之后别所方进行了顽强的抵抗。当时平田砦合战时，秀吉的武将接到粮道切断的任务，在平田砦担任守备。天正7年9月初，毛利氏与三木城的别所氏，确定将平田砦粉碎，向三木城运输武器和粮食的计划。但结果由于兵力过少无法坚持平田砦被粉碎的计划，谷卫好讨死。

最后三木城被笼城下粮道遭闭锁人员过多的消耗，导致战斗力低下。最后终于认识到了不会再有胜利的胜算的别所长治下定决心，向秀吉送去了以城主一族的性命来换取家臣以及领民的性命的条件的降伏书状。

秀吉拿到书状之后，很快接受了条件并向城中送去酒菜。在三木城中，别所长治将残余的将士和人夫集中到广场，举行离别的宴会，城主尽情地向家臣道别。第二天，城主一族与妻子自杀了，当时是天正8年正月17日。

秀吉正式接受三木城之后，宣布赦免城中残余的兵将，并向四散的领民发布归属的通告以示德政。就这样秀吉一生中最艰苦的，长达22个月的三木城合战终于结束。