1228年6月28日，皇帝带领军队踏上了东征的路，但没有得到消息的教皇甚是不满，教皇又一次把皇帝在教籍中除名。这次东征不仅没有得到教皇的支持，而且也没有得到贵族及其他人的支持，皇帝实力缺乏，不足以对抗敌军。这时的苏丹军因没有足够的军队也不想开战，但是双方又都想要面子上的胜利。继而十字军与苏丹军进行了谈判，最后签署了和议。在协议中，规定苏丹获得耶路撒冷、伯利恒、包括通向地中海的走廊。腓特烈二世在首次进入耶路撒冷时，只有少部分人的陪同，城市中也只有很少的人居住，就在这种情况之下，腓特烈二世还是自封为王了，后来他还做了一些很表面的工作。但凯撒里亚大教主到达以后，权利落入他的手中，皇帝在愤怒之下离开了。

1229年5月1日，腓特烈二世开始回国，回国后的皇帝并没有得到贵族们的认同，第六次十字军东征在一定程度上加剧了东西各派之间的矛盾。但因各自考虑各自的利益，没有人再去纠结十字军。