1582年夏天、信长准备派三男神户信孝、重臣丹羽长秀等军团进攻四国的长宗我部元亲，关于明智光秀的异心，有一说是光秀认为自己未被赋予进攻四国的任务，而开始有“自己被放置一旁。会不会像林秀贞、佐久间信盛父子一样被放逐”的被害妄想。

另一说是，光秀以前曾受信长命令负责与长宗我部元亲的和睦工作，为此命令奔走以改善彼此关系的光秀将属下斋藤利三之妹嫁予元亲，但结果却往武力讨伐的方向发展，光秀因此感到名誉受损、倍感屈辱。

1582年5月15日，德川家康为了骏河国领地增加的宴会抵达安土城，信长派明智光秀负责接待，光秀从15日到17日专注于接待家康，在家康停留的这段期间，正在攻打备中高松城的羽柴秀吉派使者向信长要求援军，并提到“毛利军有率大军往高松城救援的动作”，信长答应派兵后，解除光秀的接待任务，改命其带兵前往援助秀吉。

据《明智军记》所记载，因光秀准备的接待餐宴质量不佳，信长令其随从森兰丸敲光秀的头。

5月29日，信长为准备出兵远征毛利而前往京都、之后则逗留于本能寺，但派往援助秀吉的明智光秀军却突然迅速出现在京都，并于6月2日袭击本能寺，当时，因属下兵力对信长的信赖较深，誓言效忠明智光秀的人很少的缘故，光秀于进攻本能寺时，并没有告诉部下攻击的目标是信长。

据言率领森兰丸、坊丸、力丸、伴正林等约100人的信长本身亦持枪奋战，负伤后返回房内纵火自杀，享年49，当时本能寺为大火烧毁，通说是认为信长已死于寺中，但明智光秀的女婿明智秀满遍寻不到信长遗体，有一说是信长遗体已被仰慕信长的僧侣与部下秘密地埋葬了。

其长子织田信忠得知消息后，与村井贞胜于附近的二条御所抵抗明智军，最后亦不敌自杀，而黑人兵弥助在本能寺之变中，直到最后都和信长一同奋战，为光秀所擒后，赦免后，被强行送至耶稣会。