汉灵帝中平二年(185年)，王允被捕下狱，不久逢大赦被释。但十余日后，又因其他罪名再次被捕下狱。第二年，王允才被释放。此时，宦官气焰愈加嚣张，对他们稍有不满者，便会惨遭杀害。中平六年(189年)，汉灵帝去世，王允到京师治丧，并参与了大将军何进诛杀宦官的计划，被任命为从事中郎，后转任河南府尹，再次参与朝政。

　　汉灵帝死后，何太后临朝，大将军何进辅政。何进拉拢世家大族的代表人物袁绍袁术兄弟，策划消灭宦官势力。为迫使何太后同意，何进召令并州牧董卓等军阀引兵进京。董卓到京之时，何进巳被宦官处死，董卓乘乱诛杀宦官，朝中大权尽归董卓。董卓废少帝刘辩，立刘协为献帝，自立为太师。汉献帝即位后，王允被任命为太仆、后升任尚书令。

　　王允在生命的最后一年做了两件大事，一是除掉了权臣董卓，二是害死了文人蔡邕。王允在除掉董卓后却说什么也不肯放过他。所以，蔡邕的死，既让人扼腕摇头，更让人匪夷所思。图册 　　初平元年(190年)，代杨彪为司徒。王允虽然看出董卓的篡位之心，但因惧其权势，也只好假意咐合，以求取得董卓的信任。是时，关东一些州郡的牧守，不满董卓专权，纷纷举兵声讨，活跃在河东一带的白波黄巾军也对董卓造成威胁。于是，董卓胁迫汉献帝迁都长安，命王允随驾，自己暂留洛阳，朝中之事皆委王允做主。王允到长安后，与司隶校尉黄琬，尚书肖郑公业等密谋，派护羌校尉杨赞为左将军，执金吾士孙瑞为南阳太守，以征讨袁术为名，率军出武关道，分路征讨留在洛阳的董卓，然后使汉献帝还都洛阳。因董卓生疑而作罢。