天命十一年努尔哈赤去逝，皇太极逼大妃乌拉那拉氏阿巴亥殉葬。代善与其子岳托及萨哈廉以“才德冠世，当速继大位”拥皇太极嗣汗位。皇太极“辞再三，久之乃许”焚香告天，宣布次年为天聪元年。

　　天聪四年，皇太极以阿敏弃守滦州、永平、迁安、遵化四城的罪名，将其终身幽禁。五年，莽古尔泰同皇太极发生口角时，竟拔刀相向。皇太极借机以“御前露刃”之罪，革去莽古尔泰大贝勒衔。至此，四大贝勒，仅剩他和代善两人。

　　天聪六年正月，皇太极废除“与三大贝勒，俱南面坐”，共理朝政的旧制，改为自己“南面独坐”，突出汗位独尊地位。皇太极仿明制，设内三院，六部，“停王贝勒领部院事”，独主政务。又设都察院和理藩院，建立起一套较为完备的国家机构。集中了汗权，加强了专制统治。

　　为了联络西藏，大力扶植和宣扬喇嘛教。为了拉拢蒙古，清初的后妃多为政治联姻，蒙古科尔沁部的哲哲成为皇太极的大福晋，顺利成为了皇后。之后哲哲的两个侄女也嫁给了皇太极，一个就是布木布泰，另一个是布木布泰的亲姐姐海兰珠。皇太极的十四个女儿，十个嫁去了蒙古。为了扩大兵源，创立了汉军八旗和蒙古八旗。皇太极在国内大力实行改革时，并没有放弃努尔哈赤对外进行侵略扩张的政策。他认为要战胜明朝，首先要征服蒙古和朝鲜，这既可以解除后顾之懮，又可以利用他们的力量，共同对付明朝。皇太极二次入侵朝鲜。朝鲜被迫投降，称臣纳贡，允诺与明朝断绝往来，并将王子送沈阳为人质。