第一、过早即位

　　万历帝朱翊钧登基时年仅十岁，当时内阁首辅张居正、冯保和李太后对他的管束十分严格。当时有很多政务都由张居正帮忙处理，因此在张居正去世后，终于亲政的朱翊钧终于摆脱了束缚，自然就会选择放纵自己。

　　第二、居功自傲

　　万历朝的前十年，万历帝支持张居正在政治、经济等方面进行大刀阔斧的改革，并取得了相当大的成就。万历帝亲政后，主持了著名的万历三大征，这也是他执政生涯中可圈可点的政绩。再加上万历帝登基前不存在皇位竞争，登基后又是一副繁荣昌盛的景象，居功自傲的他便渐渐怠于政事。

　　第三、国本之争

　　万历帝在位期间，为了册立太子的问题，与群臣争论不休，形成了一场长达十五年之久的国本之争。万历帝想要立郑贵妃之子为太子，却遭到了文官集团不厌其烦的阻挠，文官集团的势力日趋成熟稳固，也越发保守，这让万历帝萌生了身为皇帝却不能随心所欲，还要受人摆布的悲观情绪。在与文官集团不断抗争并且始终没能如愿的情况下，万历帝对临朝听政产生了厌恶之情，索性不在上朝了。

　　第四、生理残缺

　　万历帝的身体越来越虚弱，根据《诏对录》记载，他经常出现“头晕目眩”、“身体发软”、“目疾足痛”之类的虚损症状，到了后期更是出现神思恍惚，步履艰难，连耳朵都近乎失聪的情况。经过后世研究发现，万历帝患有严重的脚部疾病，左右脚的长短明显不一样。糟糕的身体情况也许也是他长期不上朝的原因之一。

　　因为万历帝长时间的怠政，导致明朝中央政府几乎瘫痪，对明朝的发展产生了很多影响，《明史•神宗本纪》指出，“明之亡，实亡于神宗”。