可是李自成没有采纳这四条建议，入京不足一月便被迫出走，一场浩浩荡荡的农民起义就这样结束了。

兵败后李自成带余部南撤，途中遭遇围追堵截、屡战屡败，后闯王不知所踪，成为历史之谜。

关于战败后的李自成究竟下落何方，有两种说法。

一说客死九宫山。这个说法来自当时清朝名将爱新觉罗·阿济格，他是在山海关大破李自成农民军的重要将领之一，他对李自成如何殉难是这样解释的：“李自成窜走时，随身只有士兵20人左右，在九宫山被山民围困，不能逃脱，然后自缢而死。”但阿济格并非亲眼所见，不足为信。

据明末清初诗人吴伟业的《绥寇纪略》中有关于李自成兵败九宫山的记述：“至九宫山，独自上山谒元帝庙，当地山民误以为是盗贼首领‘碎其首’而亡。”而费密的《荒书》记述：“李自成率十八骑，由通山过九宫山岭。”被山民围攻，十八骑被杀，李自成和山民程九伯搏斗，不慎被程九伯外甥金某从背后袭击致死。

二说夹山灵泉寺隐匿。

澧州知州何璘首先否定了清廷关于李自成死于九宫山的说法，他在《李自成传》中称，兵败后李自成逃到夹山削发为僧，法名奉天玉和尚（因为李自成曾号称自己是奉天倡义大元帅）。而且何璘还去实地考察过，说他见到一个操着陕西方言自称曾经服侍过奉天玉和尚的老人，并且他还有奉天玉和尚的画像，据说画上的和尚与当时史书上闯王的模样极为相似。

在奉天玉和尚的墓葬中发现的很多遗物以及《塔铭》都与何璘记述寺内的遗物和皇室玉器极为吻合，而且从夹山寺里发现了只有君王才能使用到的石雕龟形敕印，这似乎在向研究者说明这个奉天玉和尚就是李自成。

由于关于李自成起义的很多文献资料都不知所踪，所以我们不能真实地了解当时的情况，进而对这位起义领袖的归宿也不得而知，因此关于李自成失败后的结局就成为一个历史疑案，有待后人评说。