虽然美国的庚子赔款表明上没有什么条件，但实际上仍如前文提到的有将赔款存于美国银行，基金会的董事必须有美籍人士参与等等。美国退还庚子赔款不仅有条件，且想利用此款，在条件外的交涉上让步。如1909年英、法、德三国银行团承办粤汉铁路时，美国欲参加一份，中国恐生枝节(怕引起列强间的纷争)而拒绝，美国国务院于5月2日训示北京公使馆，利用未退的庚子赔款余款，使中国答应美国的要求。美国所谓的退还中国庚子赔款有其更深远的目的，第一次决定实行庚子赔款退还时，伊利诺伊大学校长詹姆士提醒罗斯福总统：“哪一个国家能够成功教育这一代中国青年，哪一个国家就将因此而在精神与商业两方面收获最大的回报。如果美国在35年前能成功吸引中国的留学流，并使其壮大，那么我们此时就能以最圆满和最巧妙的方式控制中国的发展，那就是以知识和精神操纵中国领袖的方式。”“与军旗相比，道义与精神将更有力地支配美国在商业上持久地获利”。