公元前7年，汉成帝死在赵氏姊妹的床榻上，刘欣即位，是为汉哀帝。王政君成为太皇太后，为削弱外戚王氏的势力，汉哀帝着手排挤王氏外戚势力，强化皇权，他上台后不断打压王氏的势力，拔高母亲傅氏家族，封祖母傅昭仪为恭皇太后，王政君见此状内心深感不安，汉哀帝起初对王家人颇为优待，日子一久，便渐渐疏远。此后，汉哀帝与王氏之间的斗争日趋激烈，一场王氏家族与汉室之间的争斗就由此展开了。

　　汉哀帝像挑刺一样，把王氏家族的成员一个接着一个从皇宫里挑出去，王根、王莽在朝身居要职的都被驱逐了，王氏家族势力一落千丈，汉哀帝念王政君年事已高，才将王莽与平阿侯王仁召还京师，侍奉王政君。

　　元寿二年，汉哀帝无子而亡。王政君闻哀帝死讯后，迅速移驾未央宫，部署王氏子弟控制中枢。哀帝临终前将玉玺交给他的男宠大司马董贤，王政君又将王莽召进宫中，名义上协助董贤，实际上王莽入宫就从董贤手中夺取兵权。

　　随后董贤自杀，王政君所深恶痛绝的赵飞燕和哀帝傅皇后被逼死王政君依然被尊为太皇太后，并以中山王刘衎为帝，是为汉平帝。王莽很是讨好王政君，为了自己能够登上帝位，不惜用尽一切方法，最后如他所愿，元始五年（公元6年），汉平帝死后，孺子婴继位，众人请求王莽辅佐。王政君不答应，但无力阻止。这种原本可以避免的亡国悲剧，既让她悔恨终生，也让历代史学家们叹息不已。

　　始建国元年（公元9年），王莽篡汉建立新朝，便让安阳侯王舜去向太后索取玉玺。王政君责骂王莽，盛怒之下把玉玺给摔碎了一角，无能为力的王政君眼睁睁看着玉玺到了王莽手中，王莽称帝后大肆庆祝，又改王政君称号为“新室文母太皇太后”，自从王莽篡位后，知道王政君怨恨自己，常常刻意讨好王政君，但王政君却越来越不高兴。始建国五年（公元13年），王政君逝世，年八十四岁，与汉元帝刘奭合葬渭陵。王莽诏扬雄作诔文。