由于魏忠贤阉党的诬陷，孙承宗被迫辞职赋闲在家，这一歇就是四年。不过他时时的关心边事，自己建设的关宁锦防线在不断显示它的坚固，自己的弟子也在前线浴血奋战，本以为可以安享晚年了，却没想到崇祯二年(1629)发生了大的变故。是年十月，清兵绕过关宁锦防线，走蒙古过喜峰口，兵事直逼北京城。

　　蓟辽督师袁崇焕星夜援助京师击退皇太极的进攻，却被陷入狱，袁崇焕手下总兵祖大寿率众出关，崇祯十分惊恐，在朝臣的建议下，孙承宗临危受命以兵部尚书出镇通州，书信召回祖大寿，巩固北京城防，于崇祯三年(1630)将清军逐出北京近郊。

　　随后重新巩固关宁锦防线，此时期由于边防的功绩，孙承宗不断得到封赏，孙承宗却将所等全部赋予将士，但由于功高遭到满朝的嫉恨，不断受到朝臣的弹劾，此种情况在崇祯四年(1631)因大、小凌河城的陷落而达到顶峰。孙承宗也因此事再次辞职归乡。

　　为了扩大关宁锦防线，孙承宗决定修筑锦州前沿的大、小凌河城。然而城刚刚修缮完毕，清兵突然包围了过来，祖大寿坚守数日无奈粮草已尽出城投降，新修的城再次被毁。此事一出，朝臣纷纷弹劾孙承宗。孙承宗熟悉大明王朝腐朽了官僚制度，不做太多解释放下一切权力，因为在孙承宗眼中，权利、名誉、金钱都是不重要的，为国为民不忘大义才是最重要的。

　　辞官后，孙承宗也多次上书向崇祯皇帝建议治国之策，崇祯都不予理会。面对朋比为奸的众朝臣，面对刚愎自用的朱由检，孙承宗心灰意冷，尽管朝廷屡有征召，但他都一一推辞，一晃就是七年。赋闲在家之时，孙承宗著书立说，集成《高阳集》，同时完成了一部军事著作《车营扣答合编》。

　　孙承宗作为一个文臣，不贪权、不爱钱、不结党，但熟谙官场，标准的忠君为民之人;作为一个军官，知兵略，识人才，恤士兵，忠勇正义，无私爱国之人。他的死彰显了他的品格，也暴露了明王朝的腐朽与衰败，在其死后六年，李自成攻入北京，崇祯自缢煤山，大明王朝灭亡。

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