元文都欲暗杀王世充，段达暗中通知世充，结果行刺失败，文都临死前对杨侗说，“臣今朝死，陛下夕及矣”，杨侗亦哭。

皇泰二年四月初五癸卯日(619年5月23日)，王世充废杨侗，将杨侗囚于含凉殿，两天后，王世充自称“大郑皇帝”，建元“开明”，改封杨侗为潞国公，杨侗每日只能求佛祈福，五月，王世充部将裴仁基、裴行俨父子策划攻杀王世充，事情败露，世充杀死裴仁基父子。

世充意图毒杀侗，六月派侄子王仁则和家仆梁百年，携毒酒去杨侗处，杨侗自知难逃一死，遂服毒，遗言:“愿下辈子不要再生在帝王尊贵之家”，但一时半刻竟没毒发，最后被缢死，谥为恭皇帝，葬处不明，有子：杨岐、杨白。

纵观历史，隋朝也是中国古代大统一形势下短命的王朝之一，这是一个苦难而又辉煌，伟大与罪恶并存的皇朝，隋朝是五胡乱华后汉族在北方重新建立的大一统王朝，结束了自西晋末年以来长达近300年的分裂局面。