东晋自偏安以来，皇权旁落，士族豪强挟主专横。由于侨姓世族持续侵犯江南经济并打压南方世族入仕朝廷，使得侨吴世族在政治及经济上的冲突仍在。加上世族对寒族歧视、与朝廷分庭抗礼；中央与方镇对立及野心家的崛起，使得东晋一朝始终动荡不安，不少实力派世族先后举兵意图叛变，夺取政权。

先后爆发“王敦之乱”，“苏峻之乱”，“孙恩之乱”，“桓玄之乱”等。同时一些野心士族势力往往宣称以北伐中原为己任，企图建立起自己的根基。东晋朝重要地区往往用这些大族作镇将，因而形成地方藩镇坐大的局面。

398年，京口镇将王恭联络藩镇殷仲堪、桓玄、庾楷等起兵反帝室。王恭被杀，藩镇推桓温的儿子江州刺史桓玄为盟主，形成大族推翻帝室的中心力量。公元399年，孙恩从会稽（今浙江绍兴）起兵反晋，东南八郡纷起响应，朝野震惊。

在东晋朝全力攻击孙恩的时候，桓玄乘机吞并上游诸藩镇，元兴元年（402），桓玄举兵东下，攻入建康，杀司马元显，收夺刘牢之兵权，东晋崩溃。而此时一个出身寒门庶族在征讨孙恩之战中有重大功绩的刘裕开始崛起。

东晋元兴元年（402年）至义熙十一年（415年），刘裕先后剿灭南方各大割据势力，统一中国南方，重建中央集权国家的战争。历时十三年，结束东晋中央羸弱，豪强士族时常割据作乱的局面，使南方真正得以稳定下来，自刘裕统一南方后一直到南梁侯景之乱爆发的中间一百多年的时间内南方一直相对稳定，未发生过较大的动乱，为南方的经济生产开发作出了贡献。

刘裕先后于402年平定孙恩，405年灭桓楚，411年击溃卢循，收复岭南，412年攻破江陵，杀割据者刘毅。413年，灭西蜀，收复巴蜀，杀割据者谯纵。415年攻克襄阳，收复荆、扬二州，驱逐割据者司马休之，同时，刘裕实行土断，加强中央集权，自此南方归为统一，东晋国内全由刘裕势力统治。

刘裕统一南方之战，结束了东晋中央羸弱，豪强士族割据的局面，巩固了中央集权，是刘宋王朝的立国之战。同时，它使内乱不稳多年的南方安定下来，对促进南方经济生产开发起着重大作用。自刘裕统一南方一直到南梁末年的侯景之乱的一百多年的时间内，南方基本相对稳定，未发生过大的影响生产的动乱。

同时在北方少数民族政权尚未汉化，对南方虎视眈眈，而当时主要的汉族政权东晋自司马道子当政后上层统治的士族腐朽不堪，国力日趋衰退，随时有被“五胡”吞并的危险，刘裕统一南方建立一个强大稳定的政权对悍卫和延续华夏文明有重大贡献，其历史功绩不容磨灭。