北宋神宗以前的一百多年，中书、尚书、门下三省虽仍然设置，但都不预朝政，形同虚设，全非宰相之职。在三省之外，另设宰相的办公机构于禁中，称为“政事堂”或“中书门下”，简称“中书”。以“同中书门下平章事”或“同中书门下二品”为宰相之称，以“参知政事”为副职。

神宗元丰改制后，重新恢复了三省六部的职权，而宰相的官称也屡有变更。如尚书左仆射兼门下侍郎、少宰兼中书侍郎、尚书左仆射同中书门下平章事、尚书右仆射同中书门下平章事等，都曾作为宰相的官称；而门下侍郎、中书侍郎、尚书左丞、尚书右丞等，都曾为副相之称。至孝宗以后，则径称左、右丞相，而以参知政事为副相。

宋代的枢密院为掌管全国军务的最高机构，类似秦代的太尉府，以枢密使、副枢密使为其正、副长官。枢密院又称“枢府”。为防武将跋扈，枢密院长官一般由文官担任。但枢密使虽有权调动军队，却须经皇帝批准。南宋宁宗以后，宰相多兼枢密使，如文天祥便是以右丞相而兼枢密使。

宋代，一般还把副相“参知政事”与枢密使、副使称为“执政”，而把宰相与执政合称“宰执”。哲宗之时，在正、副相之上还设过“平章军国重事”一职，作为优待德高望重的老臣的加衔，他们可参与军国大事的讨论，但无日常事务。

宋代还设有翰林学士院，以翰林学士掌管机密诏令的起草。但他们不属于以宰相为首的行政系统，而是直接属于皇帝。他们所起草的诏令称“内制”，宰相系统的中书舍人所掌管的正式诏敕称“外制”。此外还有专为皇帝讲解经书的翰林学士，称“翰林侍读学士”和“翰林侍讲学士”。他们是明清翰林院中各类侍读、侍讲官员的前身。

宋代的最高监察机构仍是御史台，并依唐制设台、殿、察三院，以御史大夫为最高长官。但御史大夫之职一般不授人，故其真正的长官乃是御史中丞，时称“台长”。御史的任用，宰相也无权过问，由皇帝直接掌管。而且宋朝的御史并不监察地方，负责对地方官吏进行监察的主要是各路的转运使及州、府的通判。