燕王朱棣在见到姚广孝后，十分赏识他在佛学之外知识的积累，认为这是一位志向远大，见多识广的人，把姚广孝当作自己很好的朋友，明太祖死后，朝廷上下非常不满建文帝做皇帝，谋反的势力也越来越强，姚广孝建议朱棣站出来，他说自己只知道天道，只知道当今大明王朝皇帝的位置只有你能坐，我们不用管是不是民心所向。至此朱棣反叛的意识愈加坚决，姚广孝也暗地里招募将士和有才干的部下来辅佐朱棣。

建元元年，明成祖起兵，开展了历史上著名的靖难之变，在长时间的战争奔波后，战士们身心疲惫，姚广孝认识到这一点，他果断想朱棣建议，不要再继续攻打王都周边的城市了，我们应当赶快向南京挺进，南京的防守较弱，又是战略至关重要的决胜点，我们何不集中兵力一举击破。成祖采纳了姚广孝的意见，攻下南京称帝。之后成祖想要奖励姚广孝的战功，但是给的东西都被回绝了，他还把一些黄金发给同宗的人。自己仍旧只是住在寺庙。永乐十六年，已经八十四岁高龄的姚广孝身患重病，明成祖亲自前往探望。姚广孝死后朱棣大哭，赠他谥号恭靖。