四月间，蒙古科尔沁、札鲁特、阿苏特等部的部长及主帅领大队人马会集于西拉木伦河岸，十万雄兵整装待发。数日后，皇太极率领后金大军越过兴安岭，驻守都埒河，开始商议排兵布阵大计。

据清宫档案记载，皇太极击败林丹汗一战，并非一帆风顺，其间，也遇到过一些阻力。比如大军驻扎都埒河畔当夜，镶黄旗有两名蒙古族部将偷马出逃，将后金大军压境的消息报告给林丹汗，使林丹汗对此一战有所准备，因而皇太极的偷袭计划并未能得逞。

林丹汗得悉后，立刻召集部将准备抵御。起初，他欲率军撤至漠北喀尔喀，伺机展开反击，然而喀尔喀的三位大汗素日与他不和，此刻并不打算伸出援手。无奈之下，林丹汗率领十万部将，向西奔逃至库赫德尔苏，又渡黄河前往达鄂尔多斯。失去战斗先机的皇太极遂分兵三路，追赶林丹汗部。历经四十一天的追捕，终一无所获。

时至五月下旬，皇太极大军进驻呼和浩特，此时他才得知林丹汗早已南渡黄河而去，哪里还追得上。不得已，皇太极下令停止追击，大军折返。

次一番虽未正面交战，然而皇太极在途中收拢了林丹汗所遗部众数万人之多，北元王朝大势已去，皇太极击败林丹汗已成不争的事实。