公元493年七月，被册立为皇太子。后因北魏孝文帝迁都洛阳后，就命元恂多次回平城(也就是旧城)，大师冯熙为元恂的舅父，但因孝文帝身为皇帝，不能降低身份，不远千里去给冯熙奔丧。于是就命元恂前去代父哀思，还告诉他还能祭拜林氏的陵墓，这样以尽孝心，全家亲近些。所以只要到了孝文帝微服出巡的时候，北魏元恂就得留守于洛阳，主持祭祀典礼。

北魏元恂长得壮硕无比，厌书籍，因常年居于北方，所以很不习惯洛阳地区湿热无比的天气，经常想着能够回南方。元恂身边有个身边的侍从官，叫做高道悦，经常劝他读书坚忍，知书达理。导致元恂对这个侍从官很是怨恨。有次孝文帝出巡嵩山，元恂留守在金庸城内，与侍从密谋，亲手杀死了这个侍从官高道悦。后被尚书快马加鞭传信报给前在嵩山的孝文帝，孝文帝闻后十分震怒，但又对此皇太子感到惋惜和痛心。下令封锁消息，嵩山之行之后，回京召来元恂，痛斥元恂的罪行，甚至还与王宗贵族亲手惩罚元恂，杖责一百。

北魏元恂就从一个皇太子被贬为庶民。被随意流放到河阳，变相地囚禁监守，只能食以饱腹，衣有温饱。元恂似有悔改之意，每日吃斋念佛。

公元497年，受奸人李彪给孝文帝告发，元恂仍有谋反之心，被刺赐死河阳，平常入葬。