后来因为龚鼎孳镇压张献忠起义立下了功劳，所以晋升为兵科给事中。龚鼎孳在兵科任职时，曾经弹劾过王应熊、吕大器等朝廷权臣，因此受到朝廷官员的尊敬。崇祯十七年，闯王李自成攻入北京，龚鼎孳为了逃避杀戮，便携带妻子投井自杀。随后，龚鼎孳夫妇被李自成救起，随即投入李自成门下。明朝灭亡之后，世人曾用“闯来则降闯，满来则降满”来形容龚鼎孳气节沦丧。

公元1644年，清朝睿亲王多尔衮入京，龚鼎孳前去迎接，清帝重用龚鼎孳，授予他吏科给事中，迁太常寺少卿等多个职务。顺治十一年，龚鼎孳因奏章过激而被贬官。公元1632年，龚鼎孳官复侍郎一职。后来，龚鼎孳受到康熙皇帝的重用，先后担任左都御史、刑部尚书、兵部尚书等多个要职。龚鼎孳不但在政坛上活跃，而且还在文学领域颇有建树，《定山堂文集》、《定山堂诗集》和《诗余》等都是龚鼎孳的代表作品。公元1673年10月，龚鼎孳因病去世，终年58岁。