提到朱舜水怎么死的这个问题还要从1681年的时候开始说起，当时他已经在日本居住了很长时间了，可是因为日本是一座海岛，有许多的环境和地理情况和中原有着很大的不同，在这一年的时候朱舜水因为水土的原因生了一场重病。这次的病和之前的有很大的不同，不仅浑身上下四处都长满了疥疮，而且因为病情严重很快就无法下床行动，只能躺在床上接受治疗。可是经过一年的时间朱舜水的病情依旧没有任何的缓解，反而呈现出越来越重的状态。在第二年的时候中国的顾炎武离开人世三个月之后，朱之瑜也终于无法继续撑下去，只能看着他在大阪地区丧失了生命。

当时在他去世之后人们为了表示他对国家的热爱，也是为了尊重朱舜水留下来的愿望，所以在将他安葬在水户的瑞龙山之后，还按照中国的礼节和形式为他修建了墓地和墓碑，并且还特地建造了不同于平常的墓碑。除此之外朱之瑜也留下了许多宝贵的财富，所以对于他的去世很多人心里还是十分难过的。